Zunächst wählen beiden Spieler ihre Fraktion aus. Im Anschluß muss die Gruppe zusammengestellt werden. Aus den zur Verfügung stehenden Miniaturen der Fraktion werden 5 ausgewählt, die dann die Gruppe darstellen.
Nachdem das Spielfeld aufgebaut wurde, folgt schon eine der Besonderheiten von MERCS, die Aufstellung. Wie bereits erwähnt benötigt man die zu der Fraktion gehörenden Karten, welche bei der Aufstellung zum ersten Mal zum Einsatz kommen. Die Miniaturen werden so an der eigenen Spielfeldkante aufgestellt, dass die maximale weite die Breite der Schmalen Seite der Karte darstellt.
Es wird zunächst gewürfelt und der Gewinner stellt eine Miniatur auf. Im Anschluß platziert der gegner eine Miniatur und so weiter.
Haben beide Spieler ihre Miniaturen aufgestellt, ist es den Spielern erlaubt, jeweils eine Miniatur neu zu positionieren.
Zu Beginn eines Spielzugs wird für die Initiative gewürfelt. Hierzu wird für jede Miniatur separat gewürfelt. Die einzelnen Würfel werden neben den Miniaturen platziert. Das höchste Ergebnis beginnt mit dem Zug. Bei gleichen Würfelergebnissen gibt es noch weitere Modifikatoren, um zu bestimmen, welches Modell den Initiativewurf letztendlich gewonnen hat. Sind die Ergebnisse auch nach den Modifikatoren gleich, gelten die Miniaturren von ihrer Aktivierung her als gleichberechtigt.
Nach dem Modell mit dem höchsten Wurfergebnis wird das Modell mit dem nächst höchsten Ergebnis aktiviert. Dieses wird fortgesetzt, bis das Modell mit dem schlechtesten Wurfergebnis aktiviert worden ist. Es kann also sein, dass Spieler 1 sein erstes Modell aktivert. Spieler 2 aktiviert nun seinerseits zwei Modelle, da diese die nächst höheren Ergebnisse beim Initiativewurf erzielt haben. Nun aktiviert Spieler 1 seinerseits wieder zwei Modelle, gefolgt von Spieler 2 mit seinen restlichen drei Modellen. Abschließend aktiviert Spieler 1 sein letztes Modell, mit welchem das niedrigste Wurfergebnis erzielt worden ist.
Bei der Aktivierung steht dem Modell eine Aktion zu. Dieses kann Bewegung, Nahkampf oder Schießen sein. Darüber hinaus gibt es weitere Aktionen, die entweder fortgeschrittene Akionen sind, oder bestimmten Modelleigenschaften entsprechen ( wie zum Beispiel die Heilung, die der Sanitäter durchführen kann ). Das jeweilige Profil der Miniatur, sowie deren dazugehörigen Sonderregeln sind auf den Karten abgedruckt. Diese Karten werden im Spiel häufig benötigt, denn sie sind neben der Information über das Modell gleichzeitig Maßband und Schablone.
Wie zu erkennen ist, befinden sich Aussparungen an den einzelnen Karten. In der Bewegung werden die Karten mit der unteren Aussparung an der Miniatur platziert. Die Miniatur kann nun in eine der anderen drei Aussparungen bewegt werden. Um zu kompensieren, dass man das Spielfeld nicht immer passend für die Länge einer Karte aufgebaut hat, ist es Miniaturen gestattet, sich in bestimmten Situationen noch um eine Baselänge weiter zu bewegen ( z.B. um in Deckung zu gehen ).
Auch beim schießen spielen die Karten eine wichtige Rolle, denn es wird entweder die Entfernung zum feindlichen Modell bestimmt, oder die der Waffen entsprechende Schablone aus ihnen geformt.
In anderen Spielen kann sich eine Miniatur in den Nahkampf bewegen und anschließend angreifen. Da dies zwei Handlungen sind, übersteigt dies bei MERCS die dem Modell zustehenden Aktionen. Ein Modell kann sich in den Nahkampf bewegen, muss aber dann für den nächsten Spielzug auf einen höheren Initiativewurf als das gegnerische Modell hoffen, da dies sonst die Möglichkeit hat, vor dem angreifenden Modell zu attackieren.
Wie erwähnt gibt es fortgeschrittene Aktionen, die ebenfalls durchgeführt werden dürfen. Unter anderem ist dies Overwatch, was einem Modell erlaubt, auf alles zu schießen, was sich in seinem Sichtbereich bewegt, oder Supression, was nichts weiter bedeutet, als dass das Modell seinen Feuerbereich mit Geschossen eindeckt, um die gegnerischen Modelle an der Fortbewegung zu hindern.
Um den Gegner zu treffen und zu verwunden sind Würfelwürfe nötig. Hier muss jeweils ein bestimmtes Ergebnis übertroffen werden. Das Ergebnis ist modellabhängig, wird aber auch noch von Begleitumständen wie der Entfernung, Deckung und Bewegung beeinfußt. Diese Modifikatoren können sich positiv als auch negativ auf das benötigte Ergenis auswirken. Eine fortgeschrittene Aktion erlaubt es einem Modell, sich zu bewegen und zu schießen. Doch die Kombination beider Aktionen beeinflußt ebenfalls die benötigten Ergebnisse. Zunächst kann sich das Modell nicht so weit bewegen. Weiterhin feuert das Modell aus der Bewegung, was das Schießen ungenauer macht. Demnach benötigt das Modell ein höheres Wurfergebnis.
