Das Problem liegt nicht nur im unterschiedlichen Glauben begründet.
das Imperium ist ein galaktisches Großreich. Der Senat bemüht sich zwar um gewisse Grundrichtlinien auf allen Welten aber tatsächlich herscht ziemliches Chaos in weiten Teilen, da zb Gouverneure eines Planeten in die eigene Tasche wirtschaften, Kleinkriege führen oder im schlimmsten Fall Ketzer sind und der Dekadenz und der Macht erliegen (Sprich, Chaosanhänger werden.)
In einer solchen Gesamtwelt rekrutiert sich die imperiale Armee aus allerlei verschiedenen Schichten und reicht von elitären Mordianern mit hohem Ausbildungsgrad und Moralstandards zu reinen Strafbataillonen in denen nur Mörder und Vergewaltiger neben chirurgisch geheilten Ketzern dienen.
Die Marines dagegen sind die Truppen aus der Zeit des Imperators, oder gründen sich auf einen der älteren Orden. Manche Marines, wie zb einige ältere in Cyborgs haben noch als Rekruten mit dem Imperator gekämpft. Ihre Beziehung zu ihm ist viel tiefsinniger und aufrichtiger als der plumpe Glaube der den gemeinen Völkern per Schlaghammer indoktriniert wird. Zudem unterstehen Marines nur ihrem Ordensmeister, viele über tausend Jahre alt, die entsprechend argwöhnisch auf Entscheidungen der normalsterblichen Politiker schauen (zu recht übrigens.)
Zudem haben fast alle Orden einen sehr hohen Moralcodex und würden niemals jemanden aus Feigheit exekutieren der ganz offensichtlich nicht Fähig ist die gestellte Aufgabe zu erledigen (Trupp Imps gegen Necs zb.).
Im Kreuzzug der World Eaters gegen Armageddon zb wurden alle Bewohner des Planeten inklusive aller Verteidiger, ausgenommen Marines, sterilisiert und in Bergwerke verfrachtet damit die Geschichten von der dämonischen Attacke den Glauben nicht erschüttern - sowas hat immer zu Kritik der Ordensmeister am Senat geführt und daraus resultieren Zwiste.
Meist geraten beide Fraktionen aber aneinander weil ein engstirniger Bürokrat mal schnell Verbindungen spielen lässt um mit der Armee bsw. eine Xenosarmee zu beseitigen, einen Bürgerkrieg anzuzetteln oder wasweissich, und die Marines intervenieren aus höheren Gründen. Da man mit zb Kommissaren keine besonders guten Debatten führen kann was ihre Ziele angeht boltert man dann notfälligerweise alle weg 
