Die Organisation wäre etwas zu komplex, um es jetzt mal in 1-2 Sätzen zu erklären, aber ich will es mal so versuchen zu formulieren: In der Hierarchie untersteht zwar niemand dem anderen direkt, aber es ist so, dass das Wort des "Adeptus Astartes", mehr Gewicht besitzt, als dass der Imperialen Armee, was mit ihrem elitären Status zusammenhängt.
Auf Tartarus konnte man es ja auch leicht erkennen... Als Cpt. Angelos eintrifft, löst er Oberst Brom, vom Kommando über die Verteidigung des Planeten, ab. Ab und zu reden Isador und Gabriel ja auch über die Imperiale Armee und überlegen, wie sie diese am effektivsten einsetzen sollten, Zitat von Isador: "Ich finde nicht, dass wir sie wie rohe Eier behandeln sollten...". Später entzieht Inquisitor Toth, dem Captan dann sein Kommando wieder und übernimmt es selbst "Alle Anfragen über planetare Ressourcen laufen nun über mich!".
Wenn man diese drei Instanzen nun von der Hierarchie getrennt einstufen würde, wäre es vom Machtverhältnis: Inquisition - Adeptus Astartes - Imperiale Armee, wobei man beachten muss, dass die Inquisition einem Orden nicht in interne Angelenheiten reinreden, also auch keine direkten Befehle erteilen kann, sondern lediglich zur Überwachung der Loyalität dient und sie höchstens von externen Angelegenheiten, wie z.B. die Verwaltung eines Planeten, entbinden können. Wenn ein Inquisitor aber einen Makel entdecken würde, wäre er bemächtigt, je nach Ausmaß der Ketzerei, die "Säuberung" eines einzelnen Marine, bis zum völligen Orden, anzuordnen.
Zur Säuberung eines Ordens können dann auch loyale Orden angefordert werden. So kommt es dann sogar zu SM <-> SM.
Daher und weil selbst Inquisitoren nicht immer unfehlbar sind, sind sie bei Space Marines selten gerne gesehen...